Z ventilacijo in prezračevanjem simuliramo naravne pogoje. To dosežemo z dovodom in odvodom zraka, s postavitvijo ventilatorjev.
Za fotosintezo sta potrebna svetloba in CO2. Za zagotavljanje zadostne količine CO2, mora biti prostor dobro prezračevan. Pomemben je vhod svežega zraka, prav tako pa tudi izhod porabljenega CO2.
S prezračevanjem preprečujemo nastanek plesni, gnilobe, pepelovke, ščiti pred raznimi škodljivci kot so pršice, pajkci, uši…,rastlina krepimo stebla. Z prezračevanjem uravnavamo toploto in vlago v gojišču.
Ventilacija mora v gojitvenem prostoru najmanj 50x zamenjati zrak v eni uri. Za izbiro pravilnega ventilatorja se izračuna volumen prostora in pomnoži z 50. Pri tem je treba upoštevati, da vsaka ovira (filter vonjav, valovita cev) zmanjša pretok zraka za 5%.
Primer: Gojitveni prostor 120cm (š), 120cm (g), 200cm (v). 120 x 120 x 200 = 2.88m³. Pomnožimo 2.88 x 50 = 144 uporabili bomo ventilator cca150m³ in filter cca 190m³ pretoka.